相對於受薪人士，每個月有清楚的收入證明。自僱人士如開設補習社、開網店，甚至是專業人士律師和醫生自行開設公司做生意，申請按揭，尤其是經按保申請高成數按揭難度甚高。即使收入高，但亦較難申請到按揭，同時按揭成數最多為8成。
自僱人士需交文件較多
相對於受薪人士，申請銀行按揭需要交3個月的入息證明。自僱人士需要繳交的文件就較多，包括公司的有效商業登記證、商業登記查冊，6個月公司銀行戶口、6個人銀行戶口，最近財務年度的稅單，以及最近財務年度已審查的公司財務報告，如果是非專業自僱人士則需提供最近兩個財務年度有關文件，而專業自僱人士則要交上執業證書。
對於平日沒有做開財務報告的自僱人士，最難是準備財務報告，並且非專業自僱人士更要交上兩年。因此如果是受薪人士，正打算離職創業成為自僱人士，而又計劃買樓，最好是趁目前還是受薪情況下買樓。否則可能要等公司營運一段時間，才有足夠文件申請按揭。
申請按保難度高
雖然自僱人士向銀行申請按揭所交的文件已較受薪人士大幅增加，但自僱人士想申請按保就更難。因為，按證公司會要自僱人士提交更多的文件，如公司利得稅單、強積金紀錄等。同時亦會考慮自僱人士所得的收入的合理性，即財務報告有沒有「造數」的情況等。
例如部份自僱人士為了減少交稅，會盡量在會計方面增加開支，令到每月盈利減少。銀行以「稅後盈利」評估準買家的收入時，因為看到公司收入過低，會令自僱人士的收入未能通過壓力測試。
另外，部份自僱人士的公司都會有貸款，用於投資或一般營運用途。銀行或會將有關債務連同按揭供款計入自僱人士日後的每月供款，從而令申請人的供款與收入比率(DSR)超過50%，令按揭不獲批。
自已公司出糧給自己
至於自僱人士若想利用公司出糧給自己，但是銀行會了解公司是否由申請人所控制，若透過透過查冊發現公司股東是申請人則仍會視為自僱人士。即使由直系親屬任公司大股東，按保公司若發現大股東與申請人同姓或是申報地址相同，都會質疑兩人是否直系親屬關係，而不會視申請人為受薪人士。